Человечество, загнанное в чрево гигантского ковчега «Сидония», веками балансирует на грани уничтожения. Главный герой, Нагатэ Таникадзэ, — пилот гигантского боевого робота, вынужденный сражаться с таинственными и неумолимыми инопланетными монстрами Гауна. Он — один из лучших, но его сердце разрывается между долгом и чувствами. Его наставник и командир, Капитан Кобаяси, — женщина, чья холодная логика и готовность жертвовать солдатами ради выживания вида вызывают у Нагатэ одновременно восхищение и ужас. Но есть и другая — Цумуги, таинственная девушка, которая оказывается гибридом человека и Гауны. Она обладает невероятной силой и чужеродной природой, но в ней теплится искренняя, почти детская любовь к Нагатэ. Он становится для неё единственным мостом в мир людей, единственным, кто видит в ней не оружие или угрозу, а личность. Этот любовный треугольник — не просто романтическая линия, а эпицентр морального кризиса. Нагатэ вынужден выбирать между долгом перед человечеством, которое требует уничтожить Цумуги как потенциальную бомбу замедленного действия, и своей человечностью, которая велит защищать того, кто доверился ему.
В то время как Сидония готовится к решающей битве за выживание, а Гауна эволюционируют, становясь всё более хитрыми и смертоносными, личные драмы героев переплетаются с судьбой всего вида. Капитан Кобаяси, скрывающая собственные тёмные тайны и многовековую усталость от бессмертия, видит в Цумуги лишь инструмент, который может спасти или погубить всех. Нагатэ же, разрываясь между привязанностью к холодной, но гениальной Кобаяси и чистой, пугающей любовью Цумуги, пытается найти третий путь. Он отказывается верить, что для победы нужно пожертвовать тем, кого любишь. Звезда, вокруг которой вращается эта история — не просто космическое тело, а метафора самой любви, которая в этом безжалостном мире становится единственной силой, способной противостоять хаосу. Сможет ли Нагатэ защитить Цумуги от ненависти людей и от её собственной разрушительной природы? Или ради спасения человечества ему придётся совершить невозможное — предать то единственное, что делает его человеком? Ответ кроется в финальной схватке, где сойдутся воедино долг, отчаяние и всепоглощающая сила привязанности, способная изменить саму структуру реальности.
