Спустя годы после легендарного путешествия к Исказаллу, Земля наконец обрела хрупкий мир. Планета медленно исцеляется, а технологии Ямато стали основой для новой, объединенной цивилизации. Однако в глубинах космоса зреет новая, невообразимая угроза. Из-за пределов известной вселенной стремительно приближается загадочный объект, несущий полное уничтожение — Чёрный Галактический Кластер. Его приближение вызывает катастрофические аномалии пространства-времени, ставя под вопрос само существование реальности. В этот отчаянный час, когда даже Земная Федерация бессильна, последней надеждой человечества вновь становится легендарный линкор. Обновлённый и модернизированный, «Ямато» с новым экипажем на борту получает приказ совершить невозможное — отправиться в мятежную, искажённую зону под кодовым названием «3199», чтобы найти способ остановить апокалипсис.
Путь сквозь искажённые сектора оказывается испытанием на прочность не только для корабля, но и для душ его команды. Они сталкиваются с призраками прошлого, временными парадоксами и остатками цивилизаций, стёртых Чёрным Кластером. В этом хаосе экипаж обнаруживает шокирующую правду: угроза имеет не просто инопланетную природу, она тесно переплетена с самой историей «Ямато» и её первым путешествием. Старые союзники и враги возвращаются в новых, неожиданных формах, заставляя героев пересмотреть цену былых побед. Каждое решение теперь имеет тяжкие последствия, а граница между спасением и предательством становится призрачно тонкой. Чтобы дать будущему шанс, мятежному экипажу в секторе 3199 предстоит не просто сражаться, а бросить вызов самим законам мироздания, рискуя стереть саму легенду о своём корабле.
