После победы над Вальпургиевой ночью мир, казалось, обрел хрупкий покой. Однако законы мироздания, искаженные жертвой Мадоки, дали неожиданную осечку. Из трещины между реальностью и новой вселенной, созданной богиней, появляется загадочная сущность — Уцурои. Она не демон и не ведьма, а чистое воплощение «ничто», пустоты, поглощающей саму память о магии и чувствах. Ее цель — не разрушение, а полное стирание концепции магических девочек, начиная с их источника: Мадоки Канамэ. По мере приближения Уцурои воспоминания о Мадоки начинают таять даже у Хомуры, а магические способности девочек слабеют. Чтобы противостоять этой угрозе, Хомуре и остальным придется не сражаться, а совершить невозможное — вспомнить то, чего по законам этого мира не должно существовать. Их единственный шанс — пробудить в себе память о прежней реальности, чувства, связывавшие их с той, чье имя и лицо теперь под запретом самой вселенной.
Финальная битва разворачивается не на разрушенных улицах, а в глубине коллективного подсознания, в пространстве угасающих воспоминаний. Силы девочек иссякают, а тень забвения уже касается их сердец. В этот момент отчаянная, всепоглощающая любовь Хомуры, ее упрямая верность, становится тем якорем, который прорывается сквозь слои переписанной реальности. Это чувство, сильнее даже законов магии, резонирует с сокровенным желанием самой Мадоки — желанием быть рядом с теми, кого она любит. На миг рушится барьер, возведенный ее же собственным чудом, и богиня, давно ставшая концепцией, обретает форму. Ее появление — не триумфальное возвращение, а тихий, печальный миг соединения. Мадока и Хомура, наконец, стоят лицом к лицу, и их взаимное понимание становится оружием. Вместе они не уничтожают Уцурои, а наполняют пустоту смыслом — воспоминаниями о надежде, отчаянии, дружбе и любви, которые и есть истинная магия. Угроза исчезает, но мир снова меняется. Мадока вновь принимает свою судьбу, но теперь между ней и Хомурой остается тончайшая, нерушимая нить памяти, обещание, что они больше никогда не будут одиноки в своих вечных обязанностях.