Хэтэуэй Ноа, сын легендарного пилота с Земной Федерации, уже не тот наивный мальчик, что когда-то сражался вместе с Амуро Рэем. Повзрослев, он стал свидетелем лицемерия и коррупции, разъедающих Федерацию изнутри. Официально объявив о прекращении войн, правительство на деле продолжает угнетать колонии и мирных жителей, используя бюрократию и военную силу. Разочаровавшись в идеалах отца, Хэтэуэй присоединяется к террористической организации «Мафти Навие», которая ставит своей целью радикальное очищение человечества от продажных политиков. Под маской лидера Мафти он угоняет новейший прототип мобильного доспеха — «Пенелопу», и начинает серию дерзких атак на высших чиновников Федерации. Его главным врагом становится не только правительство, но и старый друг Кеннет Слегг, который теперь возглавляет спецотряд по поимке Мафти. Вместе с Кеннетом служит загадочная девушка Гиги Андалусия, чья связь с Хэтэуэй оказывается глубже, чем просто случайная встреча на светском приеме.
Погоня превращается в личную трагедию, когда Хэтэуэй понимает, что его идеализм и жажда справедливости ведут к невинным жертвам. Каждая атака «Мафти» оставляет за собой руины и трупы, а союзники начинают сомневаться в методах лидера. В то же время Гиги, обладающая странной эмпатией и способностью чувствовать эмоции пилотов, становится связующим звеном между двумя врагами. Она видит в Хэтэуэй не просто террориста, а человека, раздавленного грузом наследия и собственных ошибок. Кульминация наступает в небе над Дублином, где Хэтэуэй на своем новом мобильном доспехе «Кс» сталкивается с Кеннетом в финальной дуэли. Это не просто битва машин — это столкновение двух мировоззрений, где дружба, долг и любовь переплетаются в кровавом танце. Хэтэуэй вынужден признать, что его путь ведет в никуда, но остановиться уже не может. В финале, когда его захватывают, а суд приговаривает к смерти, он принимает свою участь как искупление. Последние кадры показывают, как Гиги смотрит на закат, понимая, что мир не станет чище от смерти одного человека, но надежда на перемены все еще теплится в сердцах тех, кто остался.
