Второй сезон начинается с того, что хрупкое перемирие между повстанцами и Империей висит на волоске. После событий первого сезона, когда главный герой, бывший элитный пилот Империи, сумел объединить разрозненные отряды сопротивления, его лагерь оказывается в ловушке. Имперское командование, осознав, что недооценило угрозу, применяет новую тактику — тотальную блокаду и психологическую войну. В ход идут диверсии, подкуп местных кланов и распространение дезинформации, чтобы посеять недоверие среди союзников. Герой сталкивается с предательством внутри своего круга, и ему приходится не только отбивать атаки имперских шагоходов и истребителей, но и разбираться, кто из его боевых товарищей работает на врага. Параллельно раскрывается тайна секретного имперского проекта «Ковчег» — оружия, способного стереть с лица земли целые города, и становится ясно, что предыдущая война была лишь прелюдией к настоящему геноциду.
Вторая сюжетная линия уводит зрителя на окраины галактики, где группа разведчиков находит заброшенную исследовательскую станцию древней цивилизации. Внутри станции скрыты чертежи технологии, способной нейтрализовать «Ковчег», но для её активации нужен уникальный биоключ, который, как выясняется, вшит в ДНК главного героя. Империя, узнав об этом, объявляет за его голову награду, равную годовому бюджету целой планеты. В финальных сериях герой вынужден пойти на отчаянный шаг: он инсценирует собственную гибель, чтобы выманить командующего Имперским флотом в ловушку на пустынной планете. Однако в решающий момент выясняется, что его ближайший друг с самого начала был имперским шпионом, запрограммированным на убийство. Серия заканчивается клиффхэнгером: герой стоит на коленях с разряженным бластером, а над ним заносит меч его бывший брат по оружию, в то время как на орбите начинают разворачиваться главные батареи «Ковчега», нацеленные на столицу повстанцев.
