Академия-Сити — огромный мегаполис, где эсперы оттачивают свои способности. Здесь, на фоне привычных школьных будней и мелких правонарушений, назревает нечто куда более масштабное. Третий сезон «Некий научный Рейлган» застает Микото Мисаку и её подруг в самый разгар событий, параллельных арке «Сестры» из основной франшизы. В городе происходит серия загадочных инцидентов, связанных с культом «Колыбели», который, как выясняется, напрямую угрожает сестрам-клонам Мисаки. Сама Микото, уже пережившая ужас проекта «Радионои», оказывается втянута в новую, ещё более изощренную и жестокую игру. Её цель — защитить тех, кто носит её лицо, и остановить безумного учёного, который не остановится ни перед чем ради достижения «абсолютной воли». Параллельно с этим Куроко Шираи, верная подруга и соратница, пытается раскрыть правду о странных исчезновениях, не подозревая, насколько глубоко уходят корни заговора.
Но это не просто история о спасении клонов. В центре — столкновение идеалов и жестокой реальности. Микото, привыкшая полагаться на свою молниеносную мощь, впервые сталкивается с противником, чья сила не физическая, а ментальная и технологическая. Её наивная вера в то, что она может защитить всех, разбивается о циничные планы врагов, готовых жертвовать жизнями ради «высшего блага». В то же время, зритель наблюдает за теневой войной, которую ведёт сама Академия-Сити, где даже друзья могут оказаться пешками в чужой игре. Сюжет набирает обороты, переходя от локальных стычек к масштабным сражениям, где на кону стоит не только судьба сестер, но и будущее всего города. Атмосфера накаляется, когда в дело вступают могущественные эсперы уровня 5, и даже привычный юмор и повседневность отходят на второй план, уступая место мрачной драме и напряжению, которое не отпускает до самых финальных титров.
