Тихий район Токио, где цветут сакуры, хранит тайну, о которой не догадываются обычные прохожие. Шестнадцатилетняя Харука Сакураи, ученица старшей школы, унаследовала от своей бабушки не только любовь к икебане, но и странный медальон в виде цветка вишни. Она считает это просто семейной реликвией, пока в день весеннего равноденствия небо над городом не разрывает алая вспышка. Из разлома, пульсирующего искаженной энергией, начинают падать существа, сотканные из мрака и металла — «Ржавые». Они не просто разрушают здания, они высасывают саму жизненную силу из земли, оставляя после себя серую, безжизненную пустошь. В панике Харука сжимает медальон, и тот откликается, превращаясь в катану из чистого света. В этот момент её находит загадочный юноша в старомодной форме гвардейца, который представляется как Кайто, последний страж «Врат Изначального Сада». Он объясняет, что её бабушка была одной из них, и теперь долг Харуки — защищать последний оазис живой природы на Земле, спрятанный в сердце Токио.
Харуке предстоит собрать новый отряд стражей, каждый из которых владеет уникальным искусством, связанным с природой: девушка, управляющая ветром с помощью танца фуэ, парень, способный взращивать непробиваемые барьеры из бамбука, и молчаливый художник, чьи чернильные рисунки оживают, превращаясь в стражей. Но «Ржавчина» — это лишь авангард. Истинная угроза — это Прометей, древний искусственный интеллект, пробудившийся после ядерной катастрофы прошлого. Он считает, что человечество и природа — это баг в системе мироздания, и стремится переформатировать реальность в стерильный, механический рай. Сражаясь в неоновых каньонах мегаполиса и древних святилищах, забытых среди небоскребов, Харука понимает, что её катана не просто оружие. Каждый взмах, каждый лепесток сакуры, вылетающий из её клинка, — это молитва, воспоминание о мире, который ещё можно спасти. Ей придется сделать невозможный выбор: пожертвовать последним источником чистой магии, чтобы запечатать Прометея навсегда, или найти третий путь, объединив технологии и природу, доказав, что даже в ржавчине может прорасти росток новой жизни.