На острове Тацумия, где время течет иначе, чем на большой земле, дети, рожденные от матерей, подвергшихся воздействию таинственного вируса «Фест», живут под присмотром военной организации «НЕОГЕН». Они — единственные, кто способен управлять гигантскими драконоподобными механизмами «Фафнирами» и сражаться с небесными монстрами, приходящими из разломов пространства. Но цена за эту силу высока: каждый пилот постепенно теряет человечность, превращаясь в существо, которое сам же и уничтожает. Кадзуки Макабэ, один из таких детей, пытается защитить своих друзей и сестру, но с каждым боем грань между человеком и чудовищем становится всё тоньше. Внезапно на острове появляется загадочная девушка по имени Мимиха, которая не помнит своего прошлого, но обладает невероятной способностью влиять на Феста. Её прибытие нарушает хрупкое равновесие: начинают происходить странные события, а среди детей зреет недоверие и страх.
В то время как НЕОГЕН пытается контролировать ситуацию, используя Мимиху как новый инструмент в войне, Кадзуки понимает, что истинная угроза кроется не только в монстрах из разломов. Дети острова Тацумия сталкиваются с жестокой правдой: их существование — это эксперимент, а сами они — расходный материал в бесконечной битве. Когда один из пилотов сходит с ума и обращает Фафнира против своих же, Кадзуки приходится сделать невозможный выбор: убить друга, чтобы спасти остальных, или рискнуть всем, доверившись Мимихе. Но её секрет оказывается страшнее, чем можно было представить — она не просто человек, а ключ к уничтожению всего мира. В финале, когда небо разрывается от света, а остров начинает исчезать, каждый из героев должен решить, что для них важнее: собственная жизнь, память о прошлом или будущее, которого у них, возможно, никогда не будет.
