Второй сезон подхватывает историю спустя несколько месяцев после событий финала. Кендзи Такамура, он же Седьмой киллер, сумел выжить после покушения и теперь скрывается в отдаленном горном храме, залечивая раны и пытаясь отрешиться от прошлого. Однако покой длится недолго. В подпольном мире убийц начинают происходить странные вещи: элитных наемников одного за другим находят мертвыми, а на месте преступлений неизменно оставляют игральную карту с семеркой. Кто-то методично уничтожает старую гвардию, подставляя под удар самого Такамуру. Параллельно в Токио всплывает информация о тайной организации «Белый Лотос», которая десятилетиями манипулировала крупнейшими криминальными синдикатами. Именно эта структура когда-то завербовала Кендзи в детстве, сделав его идеальным оружием. Теперь, когда старые долги требуют оплаты, Седьмому киллеру приходится вернуться в мир, который он пытался покинуть, чтобы выяснить, кто стоит за чисткой рядов и какую роль в этом играет его собственное прошлое.
В новом сезоне раскрывается темная сторона системы подготовки убийц: зритель увидит флешбэки из детства Кендзи, где он проходил жесточайшую тренировку под руководством загадочного наставника по прозвищу Кукловод. Главный антагонист — беглый выпускник той же школы, который считает, что Такамура предал их общее дело. Их противостояние перерастает в философскую дуэль: один хочет разрушить систему изнутри, другой — уничтожить её полностью, не щадя никого. Помимо этого, Кендзи сталкивается с новыми союзниками, включая женщину-детектива, которая ведет собственное расследование серийных убийств, и молодого хакера, способного взломать базы данных «Белого Лотоса». Сюжет закручивается вокруг тайного аукциона, где продаются досье на всех действующих киллеров мира. Чтобы защитить тех немногих, кто ему дорог, Седьмому придется не только вспомнить все свои навыки, но и принять правду о том, что он сам был пешкой в чужой игре. Финал сезона оставляет открытый вопрос: возможно ли искупление для человека, чьи руки по локоть в крови, или путь убийцы — это дорога в один конец.
